Родился 17 марта 1967 года в городе Элк Гроув, штат Иллинойс. Отец, Билл Корган-старший был блюзовым гитаристом, и так маленький Билли впервые познакомился с музыкой. К 14-летнему возрасту он уже сам начал играть на гитаре, называя потом хард-роковые группы Cheap Trick и Van Halen как оказавшие на него наибольшее влияние. В 1985 году Корган собрал свою первую группу, которая называлась The Marked и играла музыку в стиле готик-метал. Дав несколько концертов в районе Чикаго, группа вскоре перебралась в Сент-Питерсберг, штат Флорида, чтобы продолжить свою карьеру.